Profilaktik antibiyotikler genellikle intensif(yoğun) kemoterapi gören ateşli olmayan hastalarda kullanılır. Hem Ulusal Kapsamlı Kanser Ağı (NCCN) hem de Amerika Enfeksiyon Hastalıkları Derneği (IDSA) kılavuzları bu hasta grubunda antifungal profilaksiyi şiddetle tavsiye etmektedir. Profilaksi için yaygın olarak aşağıdaki kombinasyon rejimi kullanılır: siprofloksasin, flukonazol, vorikonazol veya posakonazol, asiklovir veya valasiklovir.